Если есть приказ о привлечении к сверхурочной работе и/ или к работе в выходной день, то одной из точек контроля может быть сверка со СКУД (заодно это даст документальное подтверждение нахождения работников на работе бОльшее количество времени).

Второй вопрос - это факторный анализ. Например, в энергетике есть "неизбежное зло" в виде закрытия отчетов для Системного оператора, из-за которого определенная группа сотрудников в первую неделю месяца "живет" на работе. В корпоративных структурах может быть "плановый аврал", связанный с закрытием периодов/ формированием корпоративной отчетности. С этим "бороться" можно только через определение ответственной за это группой и ее минимизацией.

Ну а с остальными работниками нужно "копать" глубже в соответствии с методикой, предложенной С. Питеркиным (собственно говоря, мой "второй вопрос" тоже относится к отраженному у Сергея аспекту "планирование").

Мы контролируем абсолютно всех сотрудников через kickidler, мне кажется это самая эффективная система контроля сотрудников.

Иван пишет:

... По поводу "сверхурочка оплачиваться не будет" - ранее я писал что без неё никак... специфика предприятия! Потому что есть отделы, которые строго выходят по нужде предприятия на дополнительное время и бесплатно они работать не будут, впрочем как и все тут сидящие на форуме!

А переделать процесс пробовали? К примеру. Когда "некоторые отделы" не очень загружены - сделать им выходные дни на этот период для части сотрудников. По нужде предприятия они будут у вас выходить строго по рабочему графику без сверхурочки.