Если есть приказ о привлечении к сверхурочной работе и/ или к работе в выходной день, то одной из точек контроля может быть сверка со СКУД (заодно это даст документальное подтверждение нахождения работников на работе бОльшее количество времени).

Второй вопрос - это факторный анализ. Например, в энергетике есть "неизбежное зло" в виде закрытия отчетов для Системного оператора, из-за которого определенная группа сотрудников в первую неделю месяца "живет" на работе. В корпоративных структурах может быть "плановый аврал", связанный с закрытием периодов/ формированием корпоративной отчетности. С этим "бороться" можно только через определение ответственной за это группой и ее минимизацией.

Ну а с остальными работниками нужно "копать" глубже в соответствии с методикой, предложенной С. Питеркиным (собственно говоря, мой "второй вопрос" тоже относится к отраженному у Сергея аспекту "планирование").